在动荡的北洋时期，上海的权力中心被军阀武大帅所掌握。他的儿子武七（由文章饰演）为了洗去身上的耻辱，几经辗转找到了前清遗老马走日（由姜文饰演）寻求帮助。
马走日，一个曾在法租界担任警督的项飞田（葛优饰）联手策划了一场名为“花域总统选举”的盛大选美活动。这场活动使他们成功地帮助与马走日有着深厚渊源的现总统完颜英（舒淇饰）卫冕成功。就在繁华喧嚣的最顶点，命运的车轮却突然急转直下，将他们推向深渊。
在一个平静的清晨，完颜英的尸身被发现于郊野。震惊之余，马走日找到武七的姐姐武六（周韵饰）及其母亲齐老师（洪晃饰），希望能借助大帅的势力为自己洗脱犯的嫌疑。一系列的误打误撞却使马走日意外救下了险些被整死的项飞田。背负犯之名的马走日绝路逃亡，而武六则以这一事件为题材拍摄了名为《枪毙马走日》的电影，使得马的命运更加扑朔迷离。
在象棋中，有一种战略叫做“馬攻相”，意味着一次行棋中，馬的行动总是比相更加主动和灵活。在剧中的角色马走日和项飞田中，也同样体现了这一步之差所带来的天壤之别。马走日虽然才智过人，但在那个动荡的时代，他始终无法走出自己的“汉界”，只能在法租界为虎作伥。而项飞田则因为种种原因，始终无法踏出那一步，无法摆脱自己的局限。
武六与马走日的命运也有着千丝万缕的联系。如果当初武六没有踢伤马走日，或许他们能够共同拍摄电影，走上不同的道路。命运的车轮无情地碾过他们的梦想，将他们推向了不同的方向。
片名《枪毙马走日》还有另一种解读。马走日曾向老佛爷献策，他坚信拯救大清只需一步——剪掉脑袋后的辫子。当马走日小跑前进，喝酒醉后醒来，却发现已经是民国时代。被剪了辫子是清朝，自己剪了辫子是民国，同样的人心，仅仅因为那一步之差，差距便如天壤之别。这是一个时代的变迁，也是一个个人命运的缩影。
在这个充满动荡和变革的时代，每个人都在努力寻找自己的出路和生存之道。而马走日的命运，则成为了一个时代的象征，反映了那个特殊时期人们的无奈和挣扎。
