手术是治疗输尿管开口异位症的唯一有效途径。专家们如刘文善和国外的Gross一致认为，输尿管开口异位症涉及到一些重复畸形的组织，这些组织往往伴随着不可恢复的病理变化。他们主张避免将输尿管移植到膀胱或使其与正常输尿管位置一致。
在手术计划的制定上，Dodson认为如果肾功能未受损，使用输尿管膀胱方案是合理的选择。具体的手术方案需要根据不同的异位开口类型和肾脏、输尿管的病变程度来定制。总体原则如下：
如果患侧的感染严重，肾盂和输尿管积水明显，且肾功能基本丧失，而对侧肾功能正常，那么患侧肾切除术是一个可行的选择。若存在重复肾，则应对重复肾进行上肾段切除术。在切除过程中，应尽可能多地切除输尿管部分，以避免诸如输尿管残端综合征等术后并发症。应采取必要措施，如使用苯酚燃烧或电凝燃烧的方法处理残留的输尿管粘膜，以防止结扎残端引发感染。
另一方面，如果肾功能良好或损伤不严重，那么应尽可能地保留肾脏。这时，可以选择进行输尿管端侧吻合术或输尿管膀胱再植术加抗反流术。这些手术旨在恢复输尿管的正常功能，同时保护肾脏免受进一步损害。在手术过程中，医生将采取一切必要措施以确保患者的安全和手术的成功。
以上原则反映了治疗输尿管开口异位症的核心要点，即根据患者的具体情况制定个性化的手术方案，旨在最大程度地恢复患者的肾功能并减少并发症的发生。
