孤立性直肠溃疡综合征患者在日常生活中应避免过度依赖屏风排便，而应增加户外活动以促进肠道蠕动。针对局部治疗，主要采取抗生素、云南白药、中药以及粘膜保护剂等治疗手段，多数患者对这些治疗反应良好，病情得到有效控制。在必要时，可选用体积泻药、甘油/氯化钠（开塞露）等药物进行灌肠或肛门栓剂的使用。
对于保守治疗方法，主要以内科治疗为主。患者应当摄入高纤维素的食物以保持大便的通畅。当出现排便困难时，应使用缓泻药帮助排便。1:5000高锰酸钾坐浴对于继发感染具有很好的缓解作用。当内科治疗无效且病情严重时，可考虑进行局部手术切除。但需要注意的是，手术后复发风险较高，并且可能伴随直肠脱垂现象。
至于手术治疗方面，由于多数孤立性直肠溃疡综合征患者存在直肠脱垂或内脱垂现象，因此主张采用直肠固定术来治疗脱垂。在手术过程中，还会借助生物反馈技术来纠正异常的肌肉收缩，以达到更好的治疗效果。对于患者而言，积极的生活方式调整和良好的日常护理至关重要，这样才能更好地促进康复和避免复发。
孤立性直肠溃疡综合征的治疗需要综合考虑患者的具体情况，采取个性化的治疗方案。在医生和患者的共同努力下，大多数患者的病情可以得到有效控制并逐步康复。
