灌肠最好的方法是熏干保存。若保存香肠的环境比较湿润或者处于雨季，可以选择将灌肠熏干存储在阴凉通风处。还可以放在冰箱冷藏，放在冷藏室需要用保鲜膜或方便袋密封，冷藏时将温度调校在4℃左右，可贮藏三个月左右。
保存在冰箱是最正确的方法。用胶带或者食品纸袋装好进行保存，封口。保存90天左右可以存放在冷冻层，每次取用完后放回保存。
如果在半个月左右就会吃完的，可保持在阳光充足的地方，温度低于20℃，湿度低于60%，可保持口感鲜美。
建议不要进行风干保存，效果没有冰箱好，也容易出现大量霉斑。放入冰格容易流失水分，肉质变硬，可以用熟油浸，用玻璃瓶存放。
